Samorządy te, głównie powiaty, obawiają się, że z powodu realizacji tak dużej inwestycji zostaną pozbawione dostępu do środków unijnych przeznaczonych na zadania związane z ochroną zdrowia, a także że stracą pacjentów na oddziałach pediatrycznych.

Urząd Marszałkowski wpisał budowę placówki do swoich strategicznych planów. Zarząd województwa twierdzi, że koncepcja ta była konsultowana z konwentem starostów.

Obecnie w całym województwie lubuskim nie ma szpitalnego oddziału ratunkowego dla dzieci oraz bloku operacyjnego przeznaczonego dla pediatrii. W roku 2012 roku lubuski oddział wojewódzki NFZ na leczenie dzieci poza granicami województwa wydał ponad 25 mln zł.

Na spotkaniu prasowym w połowie lutego 2014 roku marszałek województwa lubuskiego Elżbieta Polak podkreśliła, że samorząd chce budować zarówno centrum pediatrii, jak i radioterapię (przeciwnicy budowy szpitala dziecięcego twierdzili bowiem, że przeznaczenie środków na ten pierwszy cel spowoduje, że nie wystarczy ich na inne potrzebne ośrodki). Dodała też, że wstępną akceptację dla obu inwestycji uzyskano podczas rozmów w Warszawie. - Mamy przychylność w kraju, a nie mamy jej na poziomie wojewódzkim. Sprzeciwiając się poprawie jakości leczenia, stawiamy się w roli zaścianka – mówiła marszałek.