NFZ między innymi w ramach prowadzonych postępowań kontrolnych jest uprawniony do przetwarzania danych osobowych. Powyższe zapewnia Funduszowi regulacja zawarta w art. 188 ustawy z dnia 27 sierpnia 2004 r. o świadczeniach opieki zdrowotnej finansowanych ze środków publicznych. Tym samym w toku czynności kontrolnych NFZ ma prawo zażądać przedstawienia określonych danych i informacji, jednocześnie jednak, należy podkreślić, iż wzmianka o pozyskaniu historii choroby pacjenta czy danych o kolejce oczekujących w formie elektronicznej na płycie CD winna znaleźć się w protokole prowadzonej kontroli, względnie również na liście wymienionych załączników do protokołu.